上海爱尔眼科医院作为爱尔眼科医院集团下属旗舰医院，总面积35000多平方米，编制床位数120张。设有眼底病专科、老视白内障专科、青光眼专科、屈光科、斜弱视与小儿眼病专科、视光专科、角膜及眼表专科、眼睑眼眶与眼整形专科、综合眼病科、功能影像科、药剂科、检验科、麻醉科等近二十个临床和医技科室，除普通门诊外，还开设眼科急诊及多个专家门诊。